白鹿洞书院最初无洞，明嘉靖九年（1530年）南康知府王溱，祭山开洞；明嘉靖十四年（1535年）南康知府何岩，命石工琢石鹿置于洞中；明万历四十二年（1614年）江西参议葛寅亮认为洞不应开，鹿更不应琢，遂将石鹿埋于地下。1982年维修礼圣殿时在地下约两米深处发现石鹿，石鹿又重新安放在洞中。

白鹿书院建筑群沿贯道溪自西向东串联式而筑，白鹿洞书院为五组院落中第三组，位于棂星门院东，紫阳书院西。白鹿洞书院坐北朝南，为三进院落；方位格局上布局考究，为大四合院建筑；建筑材质结构主要为石木或砖木结构，以明、清建筑为主，屋顶为人字形硬山顶。

白鹿洞书院有御书阁、明伦堂、白鹿洞和思贤台等建筑景点，历史人物有唐代的李勃、宋代的朱熹以及明代的李梦阳。院内有宋元以来的摩崖石刻50余处，有明清以来的碑刻150余块，先贤编纂的《白鹿洞书院志》8种版本，保留有名人匾额、楹联50多副，留下诗词歌赋等1000多首，有文物藏品130多件（其中国家一级文物7件）；近代名人字画400多件，各类藏书3000多册。

1988年1月13日，包括白鹿洞书院在内的白鹿书院被中华人民共和国国务院公布为第三批全国重点文物保护单位。1996年，包括白鹿洞书院在内的庐山作为“世界文化景观”被列入《世界遗产名录》。